Nie miałem takiego problemu. Chociaż miałem 2 joy-e.
W XP chyba nie da się tego zmienić, ale gra widzi oba joy-e i traktuje je równoprawnie. Teraz musisz wejść do menu control i po prostu zadeklarować, poruszając odpowiednio rączką, osie tego joy-a do odpowiednich funkcji. Identycznie jak się to robi z klawiszami, tylkko tutaj deklaruje się osie.
Nie pamiętam dokładnie, bo teraz mam jeden joy, ale jeżeli to nie pomoże, to musisz wejść do conf.ini w FB i tam jest taka sekcja rts_joystick. Tam możesz na twardo wpisać ustawienia jakie chcesz mieć na suwakach. Każdy joystick ma swoją część w tej sekcji.
Mnie się jakoś tak udało, że mimo iż joy był jako drugi to w FB był traktowany jao pierwszy. Musisz pogrzebać w conf.ini.